دانشکده فلسفه علوم طبیعی در هر یک از شاخه‌های فلسفه مواد و انرژی، فلسفه علوم جانداران و فلسفه علوم مهندسی و تسخیر طبیعت فارغ التحصیلان را از فلسفه تجربه کردن و ساختن و طبقه‌بندی‌ها آگاه می‌نماید و بعد برای تحقیق در این رشته‌ها آماده می‌کند. این سه شاخه فلسفه علوم طبیعی دروس مشترکی دارند که برای تربیت هر فارغ التحصیل این دانشکده ضروری است. برای مثال، هر فارغ التحصیل دانشکده فلسفه علوم طبیعی باید کمی از هر یک از این سه شاخه را بداند و مبانی مشترک تحقیق در این شاخه‌ها را بشناسد و در آنها مهارت یابد. بعد در نیمه دوم تحصیلاتش به نظریات و روش‌های تحقیق در شاخه اختصاصی خودش بپردازد. روش‌های تحقیق در فلسفه علوم مواد و انرژی و فلسفه علوم مهندسی و تسخیر طبیعت، و روش‌های تحقیق در فلسفه علوم جانداران متفاوت به نظر می‌رسند.به عنوان مثال در تحقیق در فلسفه علوم مواد و انرژی و علوم مهندسی و تسخیر طبیعت باید نگرش فلسفی ما نسبت به اینکه طبیعت بی‌جان چیست و چگونه باید مطالعه شود مشخص شود. در صورتی که در فلسفه علوم جانداران باید بدانیم نگاه ما به حیات چیست.ممکن است روش‌های نگرش به طبیعت در فلسفه علوم مواد و انرژی و در فلسفه علوم مهندسی و تسخیر طبیعت نکات اشتراک و افتراقی داشته باشند. نکته مهم این است که در تحقیقات علوم طبیعی معنا و فلسفه تجربه و حواس انسانی و آزمایش پذیری نقش مهمی ایفا می‌کند و باید حد و مرزهای آن را رعایت کرد.